وظایف و اختیارات شورای عالی مالیاتی به شرح زیر است :
1 – تهیه آیین نامه ها و بخشنامه های مربوط به اجرای این قانون ، همچنین در مواردی که آیین نامه یا بخشنامه ای از طرف سایر مراجع در امور مالیاتی تهیه می شود و قبل از تصویب یا صدور آنها بایستی نظر شورای عالی مالیاتی نسبت به موارد مزبور اخذ شده باشد.
2 – بررسی و مطالعه به منظور پیشنهاد و اعلام نظر در مورد شیوه اجرای قوانین و مقررات مالیاتی و همچنین پیشنهاد اصلاح و تغییر قوانین و مقررات مالیاتی و یا حذف بعضی از آنها به وزیر امور اقتصادی و دارایی .
3 – اظهار نظر در مورد موضوعات و مسائل مالیاتی که وزیر امور اقتصادی و دارایی حسب اقتضا برای مشورت و اظهار نظر به شورای عالی مالیاتی ارجاع می نماید.
4 – رسیدگی به آرا قطعی هیات های حل اختلاف مالیاتی که از لحاظ عدم رعایت قوانین و مقررات موضوعه یا نقض رسیدگی مورد شکایت مودی یا ممیز کل واقع شده باشد.