ماده 244 مرجع رسیدگی به کلیه اختلاف‌های مالیاتی جز در مواردی که ضمن مقررات این قانون مرجع دیگری پیش بینی شده، هیأت حل اختلافات مالیاتی است. هر هیأت حل اختلاف مالیاتی از سه نفر به شرح زیر تشکیل می‌شود :
1-یک نفر نماینده سازمان امور مالیاتی کشور
۲- یک نفر از میان قضات بازنشسته یا حقوق دانان مطلع در امور مالیاتی با شرط وثاقت و امانت به درخواست سازمان امور مالیاتی و انتخاب رئیس کل دادگستری هر استان.
3-یک نفر نماینده از اتاق بازرگانی، صنایع و معادن و کشاورزی ایران، اتاق تعاون ایران، جامعه حسابداران رسمی ایران، جامعه مشاوران رسمی مالیاتی ایران، مجامع حرفه ای، اتاق اصناف ایران، شورای اسلامی شهر، کانون وکلا، مرکز وکلا، کارشناسان رسمی و مشاوران خانواده که برای مدت سه سال منصوب می‌شوند. مودی همزمان با اعتراض به برگ تشخیص یا مطالبه مالیات یکی از مراجع این بند را به عنوان نماینده خود جهت شرکت در جلسات هیات حل اختلاف مالیاتی معرفی مینماید. در صورتی که برگ تشخیص مالیات ابلاغ شده باشد و یا همزمان با تسلیم اعتراض به برگ تشخیص درمهلت قانونی مودی انتخاب خود را اعلام ننماید، با توجه به نوع فعالیت مودی با موضوع مالیات مورد رسیدگی، از بین نمایندگان مزبور با رعایت تبصره (۵) این ماده یک نفر انتخاب می‌شود.
تبصره ۱ :جلسات هیاتهای حل اختلاف مالیاتی با حضور هر سه عضو رسمیت می‌یابد و رأی هیات با اکثریت آرا، قلعی و لازم الاجراه است، ولی نغلر اقلیت باید در متن رأی قید گردد.
تبصره ۲ : هیأتهای حل اختلاف مالیاتی دارای استقلال کامل بوده و صرفاً اداره امور دبیر خانه ای هیأتهای حل اختلاف مالیاتی و تشکیل جلسات هیأتها به عهده سازمان امور مالیاتی می‌باشد. انشای رای با رعایت اصل عدالت و بیطرفی کلیه اعضا و منکی به اسناد و مدارک مثبته و دلایل و شواهد متن در همان جلسه و یا حداکثر ظرف سه روز کاری پس از برگزاری جلسه، توسط نماینده بند (۲) این ماده به عمل آمده و به امضای تمامی اعضا می‌رسد. مودی یا نماینده قانونی وی مجاز به حضور کامل در جلسه و ارائه دفاعیات به صورت کتبی با شفاهی است. اظهارات شفاهی باید در صورتجلسه قید و به امضای وی برسد. سازمان امور مالیاتی به منظور اعمال نظارت مؤثر بر عملکرد هیأتهای حل اختلاف مالیاتی، مکلف است نسبت به مستندسازی فرآیند برگزاری جلسات هیأت به نحو مقتضی اقدام کند.
تبصره ۳ : تعیین حق الزحمه اعضای موضوع بندهای (۲) و (۳) این ماده متناسب با تعداد و مدت جلسات و نیز مراحل، منابع مالیاتی و پرونده‌های مورد رسیدگی از محل اعتباری که به همین منظور در بودجه سالانه سازمان امور مالیاتی کشور پیش بینی می‌شود، مطابق دستورالعملی است که توسط سازمان مذکور تهیه و ابلاغ می‌گردد. حق الزحمه اعضا به صورت متمرکز از طرف سازمان امور مالیاتی کشور به حساب اعضا پرداخت می‌شود.
تبصره 4 : سازمان امور مالیاتی مکلف است نمایندگان معرفی شده در اجرای بندهای (۲) و (۳) این ماده را به عنوان اعضای هیاتهای حل اختلاف مالیاتی بپذیرد و با رعایت تبصره (۵) این ماده از آنها جهت شرکت در هیأتهای مزبور دعوت نماید.
تبصره 5 : اسامی کلیه افراد معرفی شده توسط رئیس کل دادگستری هر استان، مدیر کل مالیاتی استان و مراجع مذکور در بند (۳) این ماده به تفکیک شهرستان‌ها در سامانه ای که به صورت متمرکز و حداکثر ظرف سه ماه پس از لازم الاجراء شدن این قانون توسط سازمان امور مالیاتی کشور ایجاد می‌شود، درج می‌گردد. انتخاب افراد موضوع بندهای (۱)، (۲) و (3) برای هر پرونده در مواردی که در شهرستان مورد نظر بیشتر از یک نفر وجود داشته باشد، به صورت تصادفی توسط سامانه مزبور انجام می‌شود. این سامانه مستقیماً زیر نظر رئیس کل سازمان امور مالیاتی، مدیریت می‌گردد.
تبصره 6 : سازمان امور مالیاتی کشور مکلف است حداقل یک هفته قبل از تشکیل جلسه هیأت به نحو منتضی زمینه دسترسی اعضای هیأت حل اختلاف مالیاتی را برابر مقررات مربوط به مندرجات پرونده مورد اعتراض فراهم نماید.
تبصره 7 : هریک از افراد مذکور در بندهای (۲) و (۳) این ماده در صورتی که بیشتر از سه جلسه متوالی یا چهار جلسه متناوب در یک سال از حضور در جلسات هیأت خودداری نمایند، حکم آنان لغو می‌شود و رئیس کل دادگستری هر استان و مراجع مربوط، حسب مورد، موظف است ظرف ده روز کاری فرد جایگزین را معرفی نماید.
تبصره ۸ : به منظور اجرای عدالت و اصل استقلال و بی طرفی و رعایت حقوق شهروندی و نظارت مؤثر، سازمان امور مالیاتی مکلف است ساختار اداره هیأتهای حل اختلاف مالیاتی را به صورت مستقل، تحت عنوان مرکز دادرسی مالیاتی در ساختار خود ذیل رئیس کل سازمان ایجاد نماید. واحدهای دادرسی مالیاتی در هر استان مستقل از اداره کل مالیاتی استان تشکیل می‌شود.
تبصره ۹ : پس از استقرار سامانه مؤدیان، ثبت اعتراض توسط مؤدی، انتخاب یکی از مراجع موضوع بند (۳) این ماده، ارائه هرگونه لایحه به هیأتهای حل اختلاف، مشاهده اسناد، مدارک و اطلاعات موردنیاز، ابلاغ تاریخ تشکیل جلسات هیأت، اطلاع از نتایج دادرسی و هر گونه اطلاع دیگر در خصوص پرونده دادرسی مالیاتی از طریق سامانه مذکور انجام می‌شود.
تبصره ۱۰ : سازمان امور مالیاتی کشور مکلف است زمینه دسترسی کامل مؤدی و یا نماینده قانونی وی به مفاد پرونده مورد اعتراض را حداقل یک هفته قبل از تشکیل هیأت فراهم نماید.
تبصره ۱۱ :عضویت همزمان در فهرست نمایندگان بندهای (۲) و (۳) موضوع این ماده ممنوع است