تبصره ۱: سازمان می‌تواند تمام یا برخی از مؤدیان مشمول این قانون یا مشتریان آنها را مکلف کند مالیات و عوارض متعلقه را همزمان با صدور صورتحساب به حساب سازمان واریز نمایند. آیین‌نامه اجرائی این تبصره ، مشتمل بر فهرست مؤدیانی که مشمول این حکم می‌شوند و نحوه پرداخت مالیات و عوارض متعلقه با پیشنهاد سازمان، به‌تصویب وزیر امور اقتصادی و دارایی می‌رسد.

مالیات و عوارضی که به این ترتیب به سازمان پرداخت می‌شود، به حساب بستانکاری فروشنده منظور می‌شود و برای خریدار، در صورتی که مصرف‌کننده نهائی نباشد، اعتبار مالیاتی به‌حساب می‌آید.

تبصره ۲ : گمرک جمهوری اسلامی ایران مکلف است مالیات و عوارض کالاهای وارداتی را در زمان ترخیص قطعی و مالیات و عوارض کالاهای متروکه را قبل از ترخیص نهائی وصول و به‌صورت برخط به حساب سازمان واریز کند. گمرک جمهوری اسلامی ایران موظف است ضمن درج اطلاعات پرداخت در پروانه‌های ‏گمرکی و یا فرمهای مربوط، امکان دسترسی برخط سازمان به پایگاههای اطلاعاتی ذی‌ربط را ‏فراهم نماید.‏ گمرک مکلف است در «ورود موقت» و «ورود موقت برای پردازش»، تضمینات لازم را بر اساس مقررات تبصره ماده ‌(۵۳) قانون امور گمرکی أخذ کند.

تبصره ۳: واردکنندگان کالا از مناطق آزاد تجاری‌- صنعتی به سرزمین اصلی مکلفند کالاهای مزبور را به گمرک اظهار نمایند. گمرک موظف است از قسمتی از کالاهای اظهار شده که به‌موجب بند «ب» ماده ‌(۶۵) قانون احکام دائمی برنامه‌های توسعه کشور مصوب ۱۳۹۱/۵۱/۱۰، «تولید داخل» محسوب می‌شود، فقط مالیات و عوارض، و از قسمت باقی‌مانده که «کالای وارداتی» محسوب می‌شود، مالیات و عوارض و حقوق ورودی را دریافت و مالیات و عوارض آن را به حساب سازمان واریز کند.

تبصره ۴: واردکنندگان خدمت مکلفند با رعایت تبصره (۳) ماده ‌(۱۰) این قانون، مالیات و عوارض متعلقه را محاسبه و طبق مقررات این قانون پرداخت نمایند. چنانچه محل ارائه خدمت و مصرف آن در خارج از کشور باشد، مشمول این حکم نمی‌باشند.

تبصره ۵: مالیات و عوارض آب، برق و گاز با توجه به مالیات و عوارض مندرج ‏در صورتحساب (قبوض)‏ مصرف‌کنندگان و همچنین نفت تولیدی(نفت خام، میعانات گازی و گاز طبیعی خام) و فرآورده‌های تولیدی و وارداتی، فقط یک‌بار در زمان فروش(صدور صورتحساب)، در انتهای زنجیره تولید و توزیع آنها توسط شرکتهای تابعه وزارت نفت (بابت پنج فرآورده اصلی و سوخت هوایی) و یا شرکتهای پالایش نفت (بابت سایر فرآورده‌ها) و شرکتهای گاز استانی و شرکتهای تابع ذی‌ربط وزارت نیرو و شرکتهای توزیع برق، آب و فاضلاب شهری و روستایی استانی بر مبنای قیمت فروش مصوب داخلی محاسبه، ثبت و وصول و پس از کسر اعتبارات مالیات و عوارض زنجیره مذکور به حساب سازمان نزد خزانه‌داری کل کشور واریز می‌شود.

آیین‌نامه اجرائی این تبصره در خصوص نحوه ثبت مالیات و عوارض در دفاتر یا سامانه مؤدیان تعیین شرکتهای فعال در زنجیره قبل از انتهای زنجیره توزیع و فروش، نحوه انتقال اعتبارات مالیات و عوارض به انتهای زنجیره، رسیدگی، مطالبه، تهاتر، استرداد، وصول و واریز به‌حساب تعیین‌شده سازمان ظرف شش‌ماه پس از تصویب این قانون با پیشنهاد مشترک سازمان، شرکت ملی نفت ایران و توانیر به‌تصویب وزیران امور اقتصادی و دارایی، نفت و نیرو می‌رسد.

تبصره ‌: بعد از استقرار سامانه مؤدیان سازمان مجاز است حداکثر یک‌درصد(۱%) از پرونده‌های مالیاتی مؤدیان عضو سامانه مؤدیان را با اولویت مؤدیان بزرگ مورد رسیدگی قرار دهد. چگونگی انتخاب مؤدیانی که پرونده آنها باید مورد رسیدگی قرار گیرد، در دستورالعملی که با پیشنهاد سازمان به‌تصویب وزیر امور اقتصادی و دارایی می‌رسد، معین می‌شود. سازمان مکلف است تا پایان مهرماه هر سال فهرست اسامی مؤدیانی که مشمول رسیدگی قرار می‌گیرند را در سامانه عملیات الکترونیکی خود اعلام عمومی کند.