الف- مواد (۱۶۱)، (۱۶۲)، (۱۶۷)، (۱۶۹مکرر)، (۱۷۱)، تبصره (۱) ماده (۱۷۷)، (۱۷۸)، (۱۸۲)، (۱۸۶) و تبصره (۱) آن، (۱۹۱)، (۱۹۸)، (۲۰۲)، احکام مربوط به فصل هشتم باب چهارم و مواد (۲۱۰) تا (۲۱۶)، (۲۱۸)، (۲۱۹)، (۲۳۱)، (۲۳۲)، (۲۳۵)، (۲۴۲)، (۲۴۳)، احکام مربوط به فصل سوم باب پنجم، مواد (۲۵۷)، (۲۷۴) منهای بند (۳) آن، (۲۷۵)، (۲۷۶)، (۲۷۷) و (۲۷۹) قانون مالیاتهای مستقیم در مورد این قانون جاری است. احکام مربوط به درآمد مشمول مالیات در مواد فوق، در مورد محاسبه مأخذ مالیات بر ارزش افزوده نیز جاری است. احکام فصل سوم باب پنجم قانون مالیاتهای مستقیم در خصوص مواد (۲۹) و (۳۲) این قانون جاری نمی‌باشد.
تبصره ۱: شناسایی، تشخیص درآمد مشمول مالیات و رسیدگی موضوع ماده (۲۱۹) قانون مالیاتهای مستقیم در مورد مؤدیان قابل اعتماد موضوع قانون پایانه‌های فروشگاهی و سامانه مؤدیان جاری نمی‌باشد. این حکم شامل مواردی که سازمان براساس ماده (۱۴) این قانون و تبصره (۱) ماده (۱۹) قانون پایانه‌های فروشگاهی و سامانه مؤدیان اجازه رسیدگی به اظهارنامه‌های مالیاتی مؤدیان را دارد، نمی‌باشد. در هر صورت مفاد ماده (۲۱۹) قانون مالیاتهای مستقیم نباید مانع اجرای احکام موضوع قانون پایانه‌های فروشگاهی و سامانه مؤدیان شود.
تبصره ۲: در خصوص مؤدیان عضو سامانه مؤدیان، سازمان مکلف است اوراق ابلاغ شده به مؤدی را در کارپوشه وی نیز بارگذاری نماید.
تبصره ۳: به منظور رسیدگی به پرونده‌های قابل طرح این قانون در شورای‌عالی مالیاتی، تعداد شعب شورای مذکور به دو برابر افزایش می‌یابد.
ب- در صورت عدم عضویت مؤدیان در سامانه مؤدیان مواد (۹۷)، (۱۶۹)، (۱۸۱)، (۲۳۰) و بند (۳) ماده (۲۷۴) قانون مالیاتهای مستقیم در مورد مالیاتهای این قانون، جاری است.
تبصره : ماده (۲۷۲) قانون مالیاتهای مستقیم و تبصره های آن تا قبل از اتمام مهلت مقرر در ماده (۳) قانون پایانه‌های فروشگاهی و سامانه مؤدیان، در مورد مالیاتهای این قانون جاری است.
مالیات بر ارزش افزوده جدید 