تبصره ۱: مالیات و عوارض خرید نهاده‌های مربوط به طرحهای تملک دارایی‌های سرمایه‌ای (عمرانی) دولت قابل استرداد نیست و جزء بهای تمام شده دارایی‌های مزبور منظور می‌گردد.

تبصره ۲: در صورتی که مؤدی فقط به عرضه کالاها و ارائه خدمات معاف ‏اشتغال داشته باشد و یا طبق مقررات این قانون کالا و خدمات وی مشمول مالیات و عوارض نباشد، مالیات و عوارض پرداختی بابت خرید نهاده‌های آنها قابل تهاتر یا استرداد نمی‌باشد.

تبصره ۳: در صورتی که مؤدی به عرضه توأم کالاها و خدمات مشمول و معاف اشتغال ‏داشته باشد، ‌صرفاً مالیات و عوارضی که بابت خرید نهاده‌های موردنیاز برای تولید کالاها و خدمات مشمول پرداخت کرده است، حسب مورد، قابل کسر، تهاتر یا استرداد است.‏

تبصره ۴:  صرف‌نظر از آنکه مؤدی به عرضه کالاها و خدمات معاف یا مشمول اشتغال داشته باشد، مالیات وعوارض خرید مربوط به ماشین‌آلات خطوط تولید وی قابل کسر، تهاتر و استرداد می‌باشد.

تبصره ۵: آن قسمت از مالیات و عوارض پرداختی مؤدیان که طبق مقررات این قانون قابل تهاتر یا استرداد نیست، به عنوان هزینه‌های قابل قبول موضوع قانون مالیات‌های ‏مستقیم محسوب می‌شود.

تبصره ۶‌: سازمان مکلف است با رعایت تبصره ‌های (۲) و (۴) این ماده ‌مالیات و عوارض پرداختی واحدهای تولیدی یا معدنی دارای مجوز تأسیس را که در دوره‌های قبل از بهره برداری جهت خرید کالاها و خدمات مورد نیاز برای تأسیس و راه‌اندازی واحد موردنظر پرداخت کرده‌اند، مسترد نماید.

تبصره ۷‌: مالیات‌ و عوارضی که در موقع خرید کالاها و خدمات توسط شهرداری‌ها و دهیاری‌ها برای انجام وظایف و خدمات قانونی پرداخت می‌گردد، طبق مقررات این قانون قابل تهاتر و یا استرداد است.

تبصره ۸‌:  مالیات و عوارض پرداخت‌شده توسط سفارتخانه‌ها، مأموریت‌های دیپلماتیک، پست‌های کنسولی، مأموران ‏دیپلماتیک و کارکنان اداری و فنی آنها که تبعه دولت جمهوری اسلامی ایران نمی‌باشند، به ‏شرط عمل متقابل و همچنین مالیات و عوارض پرداخت‌شده توسط دفاتر سازمان‌های بین‌المللی و اعضای آنان که مقیم جمهوری اسلامی ‏ایران می‌باشند (اتباع غیرایرانی)، با ارائه اسناد و مدارک مثبته، قابل استرداد است. نحوه استرداد به موجب دستورالعملی است که توسط وزارتخانه‌های امور خارجه و ‏امور اقتصادی و دارایی (سازمان) تصویب و ابلاغ می‌شود.

تبصره ۱: مأخذ محاسبه مالیات و عوارض فروش کالاها و خدمات در مورد مؤدیانی که عضو سامانه مؤدیان نیستند و نیز مؤدیان متخلف موضوع ماده ‌(۹) قانون پایانه‌های فروشگاهی و سامانه مؤدیان، ارزش روز کالا یا خدمت در زمان تعلق می‌باشد که توسط سازمان بر اساس اطلاعات موجود در سامانه مؤدیان، استعلام از مراجع ذی‌صلاح یا تعیین کارشناس یا هیأت کارشناسی مشخص می‌شود. همچنین سازمان می‌تواند برای تعیین مأخذ مشمول مالیات مؤدیان مزبور، از دفاتر، اسناد و مدارک (اعم از ‏الکترونیکی یا غیرالکترونیکی) آنها استفاده نماید. مؤدی مکلف است دفاتر، اسناد و مدارک مذکور را در صورت درخواست مأموران مالیاتی، کارشناس یا هیأت کارشناسی به آنان ارائه کند.

تبصره ۲: موارد زیر جزء مأخذ محاسبه مالیات و عوارض نمی‌باشد:‏

الف‌- انواع تخفیفات اعطائی؛

ب‌- مالیات و عوارض موضوع این قانون که قبلاً توسط عرضه‌کننده کالا یا ارائه‌دهنده خدمت ‏پرداخت شده است؛

پ‌- سایر مالیات‌های غیرمستقیم و عوارضی که به موجب قوانین موضوعه هنگام عرضه کالا ‏یا ارائه خدمت به آن تعلق گرفته است؛

ت‌- وجوهی که به موجب سایر قوانین وصول می‌شود و به حساب درآمد عمومی یا به حساب درآمد شهرداری‌ها واریز می‌گردد؛

ث‌- کمک‌های پرداختی شهرداری‌ها و دهیاری‌ها به سازمان‌های غیرانتفاعی وابسته به خود طبق قوانین ‏و مقررات موضوعه، مشروط به آنکه مالیات متعلقه به عنوان بخشی از آن احتساب نشده ‏باشد؛

ج‌- یارانه پرداختی دولت بابت جبران تمام یا قسمتی از قیمت کالاها و خدمات مشمول قیمت‌گذاری؛ ‏مشروط به آنکه مالیات فروش به‌عنوان بخشی از آن احتساب نشده باشد.

چ‌- وجوهی که از ردیفهای بودجه‌ای مصوب دستگاهها بین شرکتهای تابعه در قوانین بودجه سنواتی جابه‌جا می‌شود مشروط بر آنکه بابت خرید یا فروش کالا و خدمات نباشد.