وظایف و اختیارات هیات عالی انتظامی مالیاتی به شرح زیر است :
الف – رسیدگی به تخلفات اداری در امور مالیاتی کلیه ماموران تشخیص مالیاتی ، کارشناسان مالیاتی و حسابرسان مالیاتی و همچنین نمایندگان وزارت امور اقتصادی و دارایی در هیات های حل اختلاف مالیاتی و هیات سه نفری موضوع بند 3 ماده 97 این قانون و سایر مامورانی که طبق این قانون مسئول وصول مالیات هستند و نیز کسانی که با حفظ سمت وظایف ماموران مزبور را انجام می دهند به درخواست دادستانی انتظامی مالیاتی . تعقیب و رسیدگی به پرونده های مطروحه در دادستانی و هیات عالی انتظامی مالیاتی سابق به عهده مراجع موضوع این فصل خواهد بود.
ب – نفی صلاحیت شاغلین مقامات مذکور در ادامه خدمات مالیاتی به جهات مسائل اخلاقی و یا رفتار منافی با حیثیت و شوون ماموران مالیاتی و سو شهرت و اهمال و مسامحه آنان در انجام وظایف خود به درخواست دادستان انتظامی مالیاتی.
ج – رسیدگی به اعتراض مامورانی که صلاحیت آنها مورد تایید دادستان انتظامی مالیاتی قرار نگرفته است . نظر هیات در این گونه موارد برای مسئولین ذیربط معتبر خواهد بود.