برخی احکام مالیاتی قانون برنامه پنجساله ششم توسعه جمهوری اسلامی ایران (1400-1396) به شرح زیر می باشد:
ماده۶ :
به‌منظور تحقق صرفه‌جویی در هزینه‌های عمومی، اصلاح نظام درآمدی دولت و همچنین قطع وابستگی بودجه به نفت تا پایان اجرای قانون برنامه ششم:
الف ـ برقراری هرگونه تخفیف، ترجیح یا معافیت مالیاتی جدید طی سالهای اجرای قانون برنامه ممنوع است.
ب ـ عوارض موضوع ماده (۳۸) قانون مالیات بر ارزش افزوده مصوب ۱۳۸۷/۲/۱۷ و بندهای آن و نیز عوارض آلایندگی موضوع تبصره (۱) ماده مذکور و عوارض ارزش افزوده گاز طبیعی و عوارض شماره‌گذاری خودروها به‌شرح زیر در مورد بندهای (الف)، (ب) و (ج) ماده مذکور توسط سازمان امور مالیاتی کشور توزیع می‌گردد:
۱ـ عوارض وصولی بند(الف) ماده(۳۸) قانون مالیات بر ارزش افزوده، با رعایت ترتیبات قانونی و پس از کسر وجوه مقرر در قانون مذکور و واریز به حساب تمرکز وجوه آن استان نزد خزانه‌داری کل کشور از طریق حساب رابطی که بنا به درخواست سازمان امور مالیاتی کشور توسط خزانه‌داری کل کشور افتتاح می‌گردد، به نسبت هفتاددرصد (۷۰%) شهرها و سی‌درصد(۳۰%) روستاها و مناطق عشایری و براساس شاخص جمعیت به حساب شهرداری‌ها و دهیاری‌ها واریز می‌گردد. سهم روستاهای فاقد دهیاری و مناطق عشایری به حساب فرمانداری‌های شهرستان مربوط واریز می‌گردد تا با مشارکت بنیاد مسکن انقلاب اسلامی در همان روستاها و مناطق عشایری هزینه شود.
تبصره ـ عوارض وصولی موضوع این جزء نیاز به طی مراحل تخصیص نداشته و حداکثر تا پانزدهم ماه بعد با تخصیص صددرصد(۱۰۰%) به حساب شهرداری‌ها و دهیاری‌ها واریز می‌گردد.
۲ـ عوارض موضوع بندهای (ب)، (ج) و (د) ماده (۳۸) قانون مالیات بر ارزش افزوده و همچنین عوارض ارزش افزوده گاز طبیعی موضوع قانون مذکور و عوارض شماره‌گذاری خودروهای موضوع بند (ج) ماده (۴۳) قانون مذکور به حساب تمرکز وجوه به‌نام سازمان امور مالیاتی کشور نزد خزانه‌داری کل کشور واریز می‌شود. وجوه مذکور حداکثر تا پانزدهم ماه بعد به نسبت دوازده‌درصد(۱۲%) سهم کلانشهرها، پنجاه‌وسه‌درصد(۵۳%) سایر شهرها و سی‌وپنج‌درصد(۳۵%) روستاها و مناطق عشایری براساس شاخصهایی که به موجب دستورالعملی که توسط سازمان و وزارت کشور ابلاغ می‌شود، محاسبه و بین تمام شهرداری‌ها و دهیاری‌ها و مناطق عشایری توزیع می‌گردد. سهم روستاهای فاقد دهیاری و مناطق عشایری، به حساب فرمانداری شهرستان مربوطه واریز خواهد شد تا حسب مقررات و مصوبات کمیته‌های برنامه‌ریزی شهرستان صرف امور عمران و آبادانی همان روستاها و مناطق عشایری شود. همچنین سی‌درصد(۳۰%) عوارض ارزش افزوده موضوع این جزء دریافتی از واحدهای تولیدی مستقر در شهرکها و نواحی صنعتی شهرستان‌ها برای تأمین زیرساخت‌ها و ارائه خدمات در آنها و تکمیل طرحهای (پروژه‌های) نیمه‌تمام شهرکها و نواحی صنعتی استان، در اختیار شرکت شهرکهای صنعتی استان قرار می‌گیرد. این سهم از مبلغ مربوط به شهرهای استان به نسبت کسر می‌گردد.
تبصره ـ پنج‌درصد(۵%) از مبلغ موضوع سهم سی‌درصد (۳۰%) شهرکهای استان جهت ارائه خدمات مربوطه در همان شهرکها در اختیار شرکتهای خدماتی موضوع قانون نحوه واگذاری، مالکیت و اداره امور شهرکهای صنعتی مصوب ۱۳۸۷/۲/۳۱ قرار می‌گیرد. شرکت شهرکهای صنعتی و نواحی صنعتی غیردولتی نیز مشمول این حکم هستند.
در طول برنامه ششم جزء (۲) بند (ب) این ماده در بخش مغایرت بر تبصره‌های (۱) و (۲) ماده (۳۹)‌ قانون مالیات بر ارزش افزوده حاکم است.
۳ـ عوارض‌آلایندگی واحدهای تولیدی موضوع تبصره(۱) ماده(۳۸) قانون مالیات بر ارزش افزوده در هر شهرستان به نسبت جمعیت بین شهرداری‌ها، دهیاری‌ها و فرمانداری‌ها (برای روستاهای فاقد دهیـاری و مناطق عشایری) همان شهرستان توزیع می‌گردد. در صورتی که آلودگی واحدهای بزرگ تولیدی (پنجاه نفر و بیشتر) به بیش از یک شهرستان در یک استان سرایت کند، عوارض آلودگی براساس سیاست‌های اعلامی سازمان به نسبت تأثیرگذاری، در کمیته‌ای مرکب از رئیس سازمان استان و فرمانداران شهرستان‌های ذی‌ربط، مدیرکل محیط زیست و مدیرکل امور مالیاتی استان بین شهرستان‌های متأثر توزیع می‌شود.
تبصره ـ در صورتی که شهرستان‌های متأثر از آلودگی در دو یا چند استان واقع شده باشند، اعضای کمیته توزیع کننده عوارض آلودگی واحدهای بزرگ (پنجاه نفر و بیشتر) متشکل از نماینده سازمان، رؤسای سازمان استان‌های ذی‌ربط، نماینده سازمان حفاظت محیط زیست و نماینده ادارات کل امور مالیاتی استان‌های مربوطه براساس سیاست‌های اعلامی سازمان اقدام به توزیع عوارض آلودگی خواهند کرد.
ماده 7 (بند چ) :
وجوه هزینه‌هایی که توسط اشخاص حقیقی یا حقوقی به منظور احداث، تکمیل و تجهیز فضاها، اماکن و توسعه ورزش همگانی و یا به‌عنوان کمک به وزارت ورزش و جوانان پرداخت می‌شود با تأیید وزارت مذکور به عنوان هزینه‌های قابل قبول مالیاتی تلقی می‌گردد.
ماده 18(بند ب) :
بانک مرکزی موظف است تا انتهای سال اول اجرای قانون برنامه با ایجاد سامانه‌ای متمرکز، امکان دریافت الکترونیکی و برخط استعلام‌های مورد نیاز، جهت اعطای تسهیلات یا پذیرش تعهدات از مراجع ذی‌ربط نظیر استعلام اعتبارسنجی، بدهی مالیاتی و نظایر آن را برای بانکها و مؤسسات اعتباری غیربانکی فراهم کند.
ماده 29 :
تبصره۳ـ دولت مکلف است طی سال اول اجرای قانون برنامه سازوکارهای مناسب در نظامات پرداخت حقوق و مزایا و نظام مالیاتی را به نحوی مدون نماید که اختلاف حقوق و مزایای بین مقامات، رؤسا، مدیران و کارکنان موضوع این ماده در مشاغل مشابه و شرایط مشابه در هر صورت از بیست‌درصد(۲۰%) تجاوز نکند و در مسیر تصمیم‌گیری قانونی قرار دهد.
ماده 33 (بند ر) :
مراحل بسته‌بندی،‌ انجماد، پاک کردن، درجه‌بندی، پوست‌گیری مانند شالی‌کوبی و خشک کردن مانند چای و تفت دادن مانند نخودپزی، فرآوری محصولات کشاورزی محسوب نمی‌شود.
خدمات مزبور، از پرداخت مالیات بر ارزش افزوده معاف می‌باشد.
ماده 43 (بند ت) :
ت ـ جذب مشارکت بخش خصوصی در طرحهای سازمان‌های توسعه‌ای و در آن صورت سهم آورده سازمان‌های توسعه‌ای و تفاوت قیمت ارزش دارایی متعلق به آنها در مشارکت نسبت به ارزش دفتری آنها، ناشی از تجدید ارزیابی، مشمول مالیات با نرخ صفر می‌شود.
سازمان های توسعه ای مانند سازمان گسترش و نوسازی صنایع ایران و توسعه و نوسازی معادن و صنایع معدنی ایران اقدامات لازم جهت جذب مشارکت بخش خصوصی در طرح ها را به عمل آورده و در آن صورت سهم آورده سازمان ها و تفاوت قیمت ارزش دارایی متعلق به آن ها در مشارکت نسبت به ارزش دفتری دارایی، ناشی از تجدید ارزیابی، مشمول مالیات با نرخ صفر می شود.
ماده 46 (بند ث) :
دستگاههای اجرائی نظیر شهرداری‌ها، محاکم دادگستری، نیروی انتظامی و سازمان ثبت اسناد و املاک کشور مکلفند تا پایان سال دوم برنامه دستورالعمل‌ها و فرآیند‌های داخلی و زیرساخت‌های نرم‌افزاری خود را به گونه‌ای آماده نمایند تا دریافت اطلاعات از متقاضیان و محاسبه کلیه حقوق و عوارض دولتی مانند بیمه، مالیات، حقوق مالکانه و جریمه‌های آنها، جریمه‌ها و عوارض شهرداری و نیز اعتراضات وارده بر آن محاسبات صرفاً با استفاده از نرم‌افزار و بدون حضور نیروی انسانی هم‌زمان با ارسال الکترونیکی درخواست یا اظهارنامه مربوطه میسر شود و همراه با توضیح کامل محاسبات به‌صورت برخط(آنلاین) به متقاضی اعلام و پرداخت‌ها و دریافت‌ها از طریق الکترونیکی انجام شود.
ماده 52 (بند ب) :
مالیات بر ارزش افزوده خدمات حمل و نقل ریلی علاوه بر معافیت‌های مذکور در بند (۱۲) ماده (۱۲) قانون مالیات بر ارزش افزوده با نرخ صفر محاسبه خواهد شد.
ماده 54 :
وزارت صنعت، معدن و تجارت موظف است با همکاری معاونت علمی و فناوری رئیس‌جمهور، وزارتخانه‌های کشور و راه و شهرسازی ضمن حمایت از سازندگان داخلی تجهیزات مورد نیاز صنعت حمل و نقل ریلی شهری و بین شهری، خرید خارجی تجهیزات مورد نیاز را به گونه‌ای سازماندهی نماید که ضمن رعایت قانون حداکثر استفاده از توان تولیدی و خدماتی در تأمین نیازهای کشور و تقویت آنها در امر صادرات و اصلاح ماده (۱۰۴) قانون مالیات‌های مستقیم مصوب ۱۳۹۱/۵/۱ با اصلاحات و الحاقات بعدی به ازای خریدهای خارجی، انتقال فناوری به داخل کشور صورت گیرد به نحوی که تا پایان اجرای قانون برنامه حداقل هشتاد و پنج درصد (۸۵%) دانش طراحی و ساخت تجهیزات مورد نیاز صنعت حمل و نقل ریلی شهری و بین شهری با کمک و استفاده از نهادهای علمی و فناوری ملی نظیر جهاد دانشگاهی، دانشگاهها و مراکز پژوهشی و شرکتهای دانش‌بنیان داخلی صورت گیرد.
ماده 63 (بند ج) :
هزینه کلیه اشخاص حقیقی و حقوقی غیردولتی در احداث، توسعه، تکمیل و تجهیز فضاهای آموزشی و پرورشی، خوابگاههای شبانه‌روزی، کتابخانه‌ها، سالنهای ورزشی وابسته به وزارت آموزش و پرورش که در چهارچوب مصوب شورای برنامه‌ریزی و توسعه استان انجام می‌شود با تأیید سازمان توسعه، نوسازی و تجهیز مدارس کشور به‌عنوان هزینه قابل قبول مالیاتی محسوب می‌شود.
تبصره ـ آیین‌نامه اجرائی این بند ظرف سه‌ماه پس از لازم‌الاجراء شدن این قانون توسط سازمان با همکاری وزارتخانه‌های امور اقتصادی و دارایی و آموزش و پرورش تهیه می‌شود و به تصویب هیأت وزیران می‌رسد.
ماده 65 (بند ث) :
دولت موظف است با تشویق خیرین و واقفین و رفع موانع موجود، به‌گونه‌ای برنامه‌ریزی نماید تا سهم وقف و خیریه از تأمین مالی دانشگاهها و مؤسسات آموزش عالی و پژوهشی و فناوری افزایش یابد.
خیرینی که طرحهایی را برای حمایت و توسعه آموزش، پژوهش، فناوری و نوآوری‌های فناورانه به انجام برسانند، مشمول مزایا و حمایت‌های مربوط به خیرین مدرسه‌ساز خواهند شد.
در دوره‌ای که اشخاص حقیقی و حقوقی غیردولتی برای احداث، توسعه و تکمیل و تجهیز فضاهای آموزشی و کمک آموزشی، پژوهشی، ورزشی و خدمات رفاهی در دانشگاهها و مراکز آموزش عالی و پژوهشی هزینه نمایند این هزینه‌ها به عنوان هزینه‌های قابل قبول مالیاتی مورد محاسبه قرار گیرد.
ماده 68 (بند ح) :
دولت مکلف است، تا پایان اجرای قانون برنامه سامانه‌های مالیات الکترونیکی، معاملات دولتی الکترونیکی(شامل مناقصه، مزایده، خرید کالا) و سلامت الکترونیکی را با پوشش کلیه ذی‌نفعان مستقر و بهره‌برداری نماید. وزارت ارتباطات و فناوری اطلاعات (شورای اجرای فناوری اطلاعات) موظف به نظارت و پیگیری مستمر اجرای طرحهای (پروژه‌های) مذکور و ارائه گزارش پیشرفت شش‌ماهه به شورای عالی فضای مجازی و کمیسیون صنایع و معادن مجلس شورای اسلامی است.
ماده 69 :
وزارت ارتباطات و فناوری اطلاعات(سازمان فناوری اطلاعات) با رعایت مصوبات شورای عالی فضای مجازی مکلف است با همکاری وزارت آموزش و پرورش تا پایان سال دوم اجرای قانون برنامه هوشمندسازی مدارس، امکان دسترسی الکترونیک (سخت‌افزاری ـ نرم‌افزاری و محتوا) به کتب درسی، کمک آموزشی، رفع اشکال، آزمون و مشاوره تحصیلی، بازیهای رایانه‌ای آموزشی، استعدادسنجی، آموزش مهارتهای حرفه‌ای، مهارتهای فنی و اجتماعی را به‌صورت رایگان برای کلیه دانش‌آموزان شهرهای زیر بیست هزار نفر و روستاها و حاشیه شهرهای بزرگ فراهم نماید. دولت برای تأمین هزینه‌های این ماده می‌تواند از مشارکت بخش غیردولتی استفاده نماید. هزینه‌های مذکور به‌عنوان هزینه‌های قابل قبول مالیاتی تلقی می‌شود.
ماده 73 (بند الف) :
از ابتدای اجرای قانون برنامه تولید و واردات انواع سیگار و محصولات دخانی علاوه بر مالیات و عوارض موضوع قانون مالیاتهای مستقیم مصوب ۱۳۶۶/۱۲/۳ و قانون مالیات بر ارزش افزوده مصوب ۱۳۸۷/۲/۱۷، مشمول مالیات به شرح زیر است:

۱ـ مالیات هر پاکت انواع سیگار تولید داخلی به میزان ده درصد (۱۰%) قیمت درب کارخانه و تولید مشترک بیست درصد(۲۰%)، تولید داخل با نشان بین‌المللی (برند) بیست و پنج درصد(۲۵%) قیمت درب کارخانه و وارداتی به میزان چهل درصد (۴۰%) قیمت کالا، بیمه و کرایه تا بندر مقصد (سیف Cif) تعیین می‌گردد.
۲ـ مالیات انواع توتون پیپ و تنباکوی آماده مصرف تولید داخلی به میزان ده درصد (۱۰%) قیمت درب کارخانه و وارداتی به میزان چهل درصد (۴۰%) قیمت کالا، بیمه و کرایه تا بندر مقصد (سیف Cif) تعیین می‌گردد.
جزء‌های (۱) و (۲) بند (الف) ماده (۷۳) در طول اجرای قانون برنامه در بخش‌های مغایرت بر ماده (۵۲) قانون مالیات بر ارزش افزوده مصوب ۱۳۸۷/۲/۱۷ حاکم هستند.
ماده 94 :
دولت مکلف است بیست و هفت صدم درصد(۰/۲۷%) از کل نه درصد (۹%) مالیات بر ارزش افزوده را برای توسعه ورزش مدارس، ورزش همگانی، فدراسیون بین‌المللی ورزشهای زورخانه‌ای و کشتی پهلوانی، ورزش روستایی و عشایری، ورزش بانوان و زیرساختهای ورزش به‌ویژه در حوزه معلولان و جانبازان اختصاص دهد. این مبلغ در ردیفهای مربوط به وزارت ورزش و جوانان و وزارت آموزش و پرورش در بودجه سنواتی پیش‌بینی می‌شود و پس از مبادله موافقتنامه در اختیار این وزراتخانه‌ها قرار می‌گیرد.
تبصره۱ـ این اعتبار فقط در استان‌ها هزینه می‌شود.
تبصره۲ـ پرداخت هرگونه وجهی از محل بودجه کل کشور به هر شکل و به هر نحو به ورزش حرفه‌ای ممنوع است و در حکم تصرف غیرقانونی در وجوه و اموال دولتی است.
تبصره۳ـ از مجموع عوارض و مالیات نه‌درصدی (۹%) موضوع قانون مالیات بر ارزش افزوده، قبل از توزیع آن منابع بین ذی‌نفعان، مبلغ مندرج در این ماده کسر خواهد شد.
تبصره۴ـ دولت مکلف است یک پنجم از منابع درآمدی ماده (۹۴) و یک‌پنجم ازمنابع درآمدی ماده (۷۳) این قانون را برای ازدواج و اشتغال جوانان به عنوان سهم وزارت ورزش و جوانان مطابق بودجه سنواتی پیش‌بینی و هزینه نماید.
ماده 98 (بند الف- جز 2) :
تأسیسات گردشگری از هر نظر تابع قوانین و مقررات بخش صنعت گردشگری به استثنای معافیت‌های مالیاتی است و از شمول قانون نظام صنفی مستثنی می باشد.
ماده 98 (بند ب) :
حکم ماده (۱۶) قانون احکام دائمی برنامه‌های توسعه کشور در طول اجرای قانون برنامه ششم توسعه بر قانون مالیات‌های مستقیم مصوب ۱۳۶۶/۱۲/۳ با اصلاحات و الحاقات بعدی آن حاکم است.