اجرای احکام این قانون نافی اجرای احکام و مقررات ذیل نیست:
۱- قانون برنامه پنجساله ششم توسعه اقتصادی، اجتماعی و فرهنگی جمهوری اسلامی ایران مصوب ۱۳۹۱/۵۲/۱۴ با اصلاحات و الحاقات بعدی؛ (به استثنای موارد منسوخ در ماده (۵۵) این قانون، بند «ب» ماده (۶)، بند «ر» ماده (۳۳)، ماده (۷۳) و ماده (۹۴) قانون مذکور)
۲- قانون مالیاتهای مستقیم مصوب ۱۳۶۶/۱۲/۳ با اصلاحات و الحاقات بعدی
۳- قانون مقررات تردد وسایل نقلیه خارجی مصوب ۱۳۷۳/۴/۱۲ با اصلاحات و الحاقات بعدی
۴- عوارض آزادراهها، عوارض موضوع ماده (۱۲) قانون حمل و نقل و عبور کالاهای خارجی از قلمرو جمهوری اسلامی ایران مصوب ۱۳۷۴/۱۲/۲۲ با اصلاحات و الحاقات بعدی
۵- قانون نحوه تأمین هزینه‌های اتاق‌های بازرگانی و صنایع و معادن جمهوری اسلامی ایران و اتاق تعاون مصوب ۱۳۷۲/۸/۱۱ با اصلاحات و الحاقات بعدی
۶- مواد (۶۳) و (۸۷) قانون وصول برخی از درآمدهای دولت و مصرف آن در موارد معین مصوب ۱۳۷۳/۱۲/۲۸ با اصلاحات و الحاقات بعدی
۷- قانون امور گمرکی مصوب ۱۳۹۰/۸/۲۲ با اصلاحات و الحاقات بعدی؛ (به استثنای تعریف حقوق ورودی و سایر وجوه موضوع بند «د» ماده (۱))
۸- مواد (۶۵)، (۵۸) و (۷۰) قانون الحاق برخی مواد به قانون تنظیم بخشی از مقررات مالی دولت (۲) مصوب ۱۳۹۳/۱۲/۴ با اصلاحات و الحاقات بعدی
۹- بندهای «الف» و «ب» ماده (۳۰) و بند (۳) ماده (۴۸) قانون احکام دائمی برنامه‌های توسعه کشور مصوب ۱۳۹۱/۵۱/۱۰ با اصلاحات و الحاقات بعدی
۱۰- تبصره (۵) بند «الف» ماده (۲۸) قانون رفع موانع تولید رقابت‌پذیر و ارتقای نظام مالی کشور مصوب ۱۳۹۴/۲/۱
۱۱- ماده (۷) قانون توسعه ابزارها و نهادهای مالی جدید به‌منظور تسهیل اجرای سیاست‌های کلی اصل چهل و چهارم (۴۴) قانون اساسی مصوب ۱۳۸۸/۹/۲۵
۱۲- قانون توسعه و حمایت از صنایع دریایی مصوب ۱۳۸۷/۲/۱۵
مالیات بر ارزش افزوده جدید 