‌
سازمان امور مالیاتی کشور بخشنامه شماره 5990 مورخ 6/4/1384 را به شرح زیر اعلام نموده است:
نظر به اینکه در خصوص نحوه و مرجعیت وصول و استرداد مالیاتهای تکلیفی مقرر در قانون مالیاتهای مستقیم اختلاف نظرهایی مابین ادارات کل امور مالیاتی سطح کشور مشاهده میگردد که این امور بلاتکلیفی و سردرگمی مودیان محترم مالیاتی را نیز در پی دارد ، لذا به منظور رفع معضل و ایجاد وحدت رویه مقرر میدارد :
1- در مواردیکه منابع مالیاتهای تکلیفی در محدوده شهر یا بخشی قرار گرفته که پرونده عملکرد پرداخت کننده نیز در یکی از واحدهای مالیاتی آن شهر یا بخش مورد رسیدگی قرار میگیرد و یا به طورکلی رویدادهای مشمول مالیاتهای تکلیفی در ان شهر یا بخش به وقوع می پیوندد ، واحد مالیاتی صالح برای دریافت مالیاتهای تکلیفی همان واحد مالیاتی رسیدگی کننده به پرونده عملکرد مودی پرداخت کننده وجوه خواهد بود .
2- در صورتیکه منابع مالیاتهای تکلیفی به شرح بند 1 فوق و یا محل وقوع رویدادهای مشمول مالیاتهای تکلیفی به ترتیب مزبور ، در شهرها یا بخشهای دیگری به غیر از شهر یا بخش محل رسیدگی به پرونده عملکرد مودی ( پرداخت کننده ) باشد ، واحدهای مالیاتی صالح برای دریافت مالیاتهای تکلیفی واحدهای مستقر در شهر یا بخش محل منابع با رویدادهای فوق الاشاره خواهند بود .
3- در محدوده تهران بزرگ ( در مواردیکه منابع مالیاتهای تکلیفی در آن واقع و یا رویدادهای مشمول مالیاتهای تکلیفی در آن صورت می گیرد ) از حیث اشخاص حقوقی واحدهای مالیاتی صالح برای دریافت مالیاتهای تکلیفی ، واحدهای مالیاتی رسیدگی کننده به پرونده عملکرد اشخاص حقوقی ( پرداخت کننده ) مستقر در اداره کل امور مالیاتی شرکتها و یا اداره کل امور مالیاتی مودیان بزرگ و از جهت اشخاص حقیقی ( صاحبان مشاغل ) با توجه به محل فعالیت و یا عندالاقتضاء محل سکونت ( در مورد مشمولین تبصره 2 ماده 100 ) حسب مورد واحدهای مالیاتی محل فعالیت یا سکونت پرداخت کننده که در یکی از ادارات کل امور مالیاتی مرکز ، شرق ، غرب ، جنوب و شمال تهران و در نواحی خارج از محدوده جغرافیایی ادارات کل پنجگانه مذکور و یا موارد خارح از شمول ادارات کل امور مالیاتی شرکتها و مودیان بزرگ ، اداره کل امور مالیاتی استان تهران خواهند بود .
4- در مواردی که واحدهای مالیاتی دریافت کننده مالیاتهای تکلیفی جدا از واحدهای مالیاتی رسیدگی کننده به پرونده عملکرد می باشند در خصوص استرداد اضافه پرداختی احتمالی ، واحد مالیاتی صلاحیتدار همان واحد مالیاتی دریافت کننده وجوه خواهد بود . در این راستا واحدهای مالیاتی دریافت کننده مالیاتهای تکلیفی مکلفند به هنگام دریافت وجوه نسبت به صدور قبوض مالیاتی جداگانه به نام هر یک از پیمانکاران یا دریافت کنندگان وجوه اقدام و تصویر قبوض مالیاتهای پرداخت شده را حداکثر ظرف مدت یک هفته از تاریخ دریافت قبوض با تایید مبالغ مالیاتی متعلق به هر یک از افراد مذکور به واحدهای مالیاتی رسیدگی کننده به پرونده عملکرد آنان ارسال نمایند . واحدهای مالیاتی رسیدگی کننده به پرونده عملکرد نیز چنانچه پس از انجام رسیدگی با موارد اضافه پرداختی مواجه گردیدند موظفند ضمن تعیین میزان مبلغ اضافه پرداختی ، مبلغ مزبور را به واحدهای مالیاتی دریافت کننده وجوه جهت تنظیم فرم استرداد اعلام نمایند .
5- در خصوص مالیات اجاره طبق نص صریح تبصره 9 الحاقی به ماده 53 ، مالیات مکسوره بایستی به اداره امور مالیاتی محل وقوع ملک پرداخت گردد . در مورد اضافه پرداختی مالیات بردرآمد حقوق نیز واحد مالیاتی دریافت کننده وجوه مرجع استرداد خواهد بود . اضافه می نماید با صدور این بخشنامه ، دستورالعملهای شماره 37002/407123/30 مورخ 7/8/1379 ، 13637/1451-211 مورخ 24/3/1382 و 2869 مورخ 26/2/1384 کان لم یکن تلقی میگردد .