به موجب ماده (33) قانون مالیات بر ارزش افزوده، احکام مربوط به فصل نهم از باب چهارم و همچنین فصل سوم از باب پنجم(به استثناء حکم ماده 215 قانون مالیات‌های مستقیم ) درخصوص قانون مالیات بر ارزش افزوده جاری می‌باشد.در این چارچوب به منظور اجرای صحیح قانون مالیات بر ارزش افزوده و اتخاذ رویه واحد در اجراء به اطلاع می‌رساند:
1- به استناد قسمت اخیر تبصره (2) ماده (216) قانون مالیات‌های مستقیم که مقرر گردیده است “مفاد تبصره یادشده شامل آن دسته از مالیات‌های غیر مستقیم که طبق مقررات مخصوص به خود در مراجع خاص باید حل و فصل شود، نخواهد بود”؛
بنابراین به جهت تسری فصل سوم از باب پنجم قانون مالیات‌های مستقیم به قانون مالیات و عوارض ارزش افزوده، مقررات تبصره (2) ماده (216) قانون مالیات‌های مستقیم در ارتباط با مالیات و عوارض ارزش افزوده به استثنای سایر مالیات‌ها و عوارض خاص موضوع فصل نهم قانون مالیات بر ارزش افزوده جاری نمی‌باشد.
2- به استناد تبصره (1) ماده (216) قانون مالیات‌های مستقیم چنانچه شکایت حاکی از این باشد که وصول مالیات و عوارض ارزش افزوده (به استثنای سایر مالیات‌ها و عوارض خاص موضوع فصل نهم قانون مالیات بر ارزش افزوده که مشمول حکم تبصره (2) ماده مذکور می‌باشد) قبل از قطعیت به موقع اجرا گذارده شده است، در این حالت هیأت حل اختلاف مالیاتی در صورت واردبودن شکایت، در مقام هیأت حل اختلاف مالیاتی بدوی و یا تجدید نظر ضمن صدور رأی به بطلان اجراییه نسبت به صدور قرار رسیدگی و یا صدور رأی مقتضی حسب مورد اقدام می‌نماید. بنا به مراتب مذکور، مفاد جزء (2) بند (ب) بخشنامه شماره 25616/7655/4/30 مورخ 14/06/1369 به استثناء مفاد ماده (251) قانون مالیات‌های مستقیم مبنی بر امکان شکایت مؤدی یا رئیس امور مالیاتی از رأی آن مرجع به شورای عالی مالیاتی، قابلیت تسری به مالیات و عوارض بر ارزش افزوده را خواهد داشت .
بدیهی است با صدور این بخشنامه مفاد بخشنامه شماره 106/93/200 مورخ 10/9/1393 مبنی بر امکان طرح پرونده‌های مالیات و عوارض ارزش افزوده در هیأت موضوع تبصره (2) ماده (216) قانون مالیات‌های مستقیم کان لم یکن تلقی می‌گردد.
سازمان امور مالیاتی کشور