‌
فصل اول– معافیت مالیاتی موضوع بند الف ماده 139
ماده 1:بقاع موضوع بند (الف) ماده (139) اصلاحی قانون مالیاتهای مستقیم مطابق فهرستی است که توسط سازمان اوقاف و امور خیریه به سازمان امور مالیاتی کشور اعلام می‏شود. تشخیص سایر بقاع متبرکه، بر عهده سازمان اوقاف و امور خیریه می‌باشد.
فصل دوم– مالیات به نرخ صفر موضوع بند د ماده 139
ماده 2:مدارسی که قبلاًطبق تشخیص شورای مدیریت حوزه علمیه قم از جمله مدارس علوم اسلامی شناخته شده یا بعداً شناخته شوند، نسبت به کمک‌ها و هدایای دریافتی نقدی و غیر نقدی مشمول مالیات به نرخ صفر می‌باشند.
تبصره 1- استفاده از نرخ صفر برای محاسبه مالیات، منوط به تایید شورای مدیریت حوزه علمیه قم مبنی بر تداوم فعالیت مدرسه در زمره علوم اسلامی در سال مربوط است که باید حداکثر تا پایان تیرماه سال بعد به اداره مالیاتی مربوط تسلیم گردد.
تبصره2- استفاده از نرخ صفر در خصوص درآمد موقوفات متعلق به مدارس یادشده منوط به رعایت مقررات فصل پنجم این آیین نامه خواهد بود.
فصل سوم- مالیات به نرخ صفر موضوع بند ه ماده 139
ماده 3: نهادهایی که طبق نظر هیات وزیران جز نهادهای انقلاب اسلامی شناخته شده یا بشوند، نسبت به کمک‌ها و هدایای دریافتی نقدی و غیر نقدی مشمول مالیات به نرخ صفر می‌باشند.
فصل چهارم – مالیات به نرخ صفر موضوع بند و ماده 139
ماده 4: آن قسمت از درآمد صندوق عمران موقوفات کشور (بنیاد توسعه و عمران موقوفات کشور) که به مصرف عمران موقوفات کشور برسد، مشمول مالیات به نرخ صفر است. مشروط براینکه برای هر سال گواهی لازم مبنی بر صرف درآمد صندوق در امور یاد شده توسط سازمان اوقاف و امور خیریه صادر و حداکثر تا پایان تیرماه سال بعد به سازمان امور مالیاتی کشور تسلیم گردد.
فصل پنجم – مالیات به نرخ صفر موضوع بند ح ماده 139
ماده 5 : آن قسمت از درآمد موقوفات عام که طبق موازین شرعی و برابر مفاد وقفنامه‌های مربوط به مصرف امور مذکور در بند ح ماده 139 می‌رسد مشمول مالیات به نرخ صفر می گردد مشروط بر اینکه:
الف- صورتحساب درآمد و هزینه هر سال مالی موقوفه متکی به اسناد و مدارک قابل قبول، حداکثر تا 4 ماه پس از پایان سال مالی به اداره موقوفات و امور خیریه مربوط تسلیم شود.
ب- ادارات اوقاف و امور خیریه مربوط نسخه‌ای از صورتحساب مزبور را به انضمام تاییدیه لازم مبنی بر صرف کل یا بعض درآمد موقوفه در امور مندرج در بند ح ماده 139 (با ذکر دقیق مبالغ کل درآمد و رقم صرف شده در امور مزبور) ظرف شش ماه از تاریخ وصول صورتحساب به اداره امور مالیاتی محل موقوفه تسلیم نماید.
تبصره1ـ ادارات اوقاف و امور خیریه می توانند مفاصاحساب موقوفات عام را به صورت الکترونیکی و یا از طریق لوح فشرده، به ترتیبی که سازمان امور مالیاتی کشور مشخص می‌کند، ارایه نمایند. مفاصاحساب هایی که به این طریق دریافت می شوند، در حکم اظهارنامه مالیاتی می باشند.
تبصره2ـ شعب تحقیق موضوع تبصره بند (ح) ماده (139) اصلاحی قانون مالیاتهای مستقیم مکلفند در صورت درخواست ادارات امور مالیاتی، صورت ریز درآمد و هزینه موقوفاتی را که برای آن ها مفاصاحساب صادر نموده اند، ظرف یک ماه به اداره امور مالیاتی ارایه نمایند.
تبصره 3- موقوفاتی که متولی منصوص‌التولیه دارند نیز جهت برخورداری از نرخ صفر مالیاتی ملزم به رعایت قانون مالیات‌های مستقیم و ضوابط مقرر در این آیین‌نامه خواهد بود.
تبصره 4ـ آن قسمت از درآمد موقوفات عام که در دوره مالی مربوط به تحصیل درآمد به مصرف نرسیده باشد، پس از انقضای سال مالی تحصیل درآمد نیز قابل مصرف در امور مذکور در بند (ح) ماده (139) اصلاحی قانون مالیاتهای مستقیم خواهد بود. آن قسمت از درآمد موقوفات عام که صرف اموری غیر از امور مذکور در این ماده شود، در سال مصرف، طبق مقررات قانونی مربوط، مشمول مالیات خواهد بود.
تبصره 5 ـ آن قسمت از درآمد موقوفات عام که در هر سال مالی به مصرف نرسیده، بدون تعلق مالیات، به سال مالی بعد منتقل خواهد شد.
فصل ششم- مالیات به نرخ صفر موضوع بند ط ماده 139
ماده 6 : موسسات خیریه و عام‌المنفعه در صورتی می‌توانند از نرخ صفر مالیاتی این بند استفاده نمایند که واجد شرایط زیر باشند:
الف- موسسه رسماً تحت یکی از عناوین فوق به ثبت رسیده و غیر انتفاعی بودن آن نیز در اساسنامه تصریح شده باشد .
ب- کمکها و هدایای دریافتی نقدی و غیر نقدی آنها به موجب اساسنامه به مصرف امور یاد شده در بند ح ماده 139 اصلاحی قانون مالیاتهای مستقیم- مصوب 1380/11/27 و اصلاحیه ی بعدی آن- برسد و این امر توسط سازمان امور مالیاتی کشور طبق مواد 7 الی 9 الی 9 این آیین‌نامه تایید شود .
ج- اساسنامه آنهاصریحاً متضمن این موضوع باشد که موسسان و وابستگان طبقات اول و دوم آنان ، موضوع ماده 18 این قانون و هیات امنا و مدیران آنها مبادرت به انجام معامله با موسسه ننماید .
د-اساسنامه موسسه صریحا حاکی از این باشد که موسسان یا صاحبان سرمایه حق هیچگونه برداشت و یا تخصیص از محل کمک ها و هدایای دریافتی نقدی و غیر نقدی را ندارند و بعد از انحلال دارایی موسسه به سازمان بهزیستی کشور یا یکی از موسسات دولتی و یا موسسات خیریه و عام‌المنفعه دیگر واگذار گردد.
هـ- بردرآمد و هزینه آنها به شرح مواد 7 الی 9 الی (9) این آیین نامه نظارت شود.
تبصره1 ـ کمک ها و هدایای نقدی و غیرنقدی دریافتی که در هر سال مالی به مصرف نرسیده باشد بدون تعلق مالیات به سال مالی بعد منتقل می شود.
تبصره2ـ آن قسمت از کمک ها و هدایای نقدی و غیرنقدی دریافتی که صرف اموری غیر از امور مذکور در بند (ح) ماده (139) اصلاحی قانون مالیاتهای مستقیم شود، در رسیدگی به عملکرد سالی که در آن سال به مصرف رسیده است، به درآمد مشمول مالیات، اضافه و مبنای محاسبه مالیات قرار می گیرد.
ماده 7: نظارت بر درآمد و هزینه موسسات خیریه و عام‌المنفعه موضوع بند ط ماده 139 اصلاحی قانون مالیاتهای مستقیم ، ولو این که دارای مال موقوفه باشند به ترتیب زیر اعمال خواهد شد.
الف- مرجع نظارت بر درآمد و هزینه موسسات خیریه و عام‌المنفعه ، سازمان امور مالیاتی کشور است که می‌تواند این اختیار را به ادارات کل امور مالیاتی ذیربط و در موارد یاد شده در بند 3 ماده 1 تشکیلات و اختیارات سازمان اوقاف و امور خیریه ، مصوب 1363- به سازمان مربوط تفویض نماید.
ب- نظارت بر درآمد و هزینه موسسات عام‌المنفعه‌ای که دارای مال موقوفه می‌باشند و یا اداره آنها به موجب قانونیا آیین‌نامه مربوط به سازمان اوقاف و امور خیریه محول شده است ، با سازمان یاد شده خواهد بود .
پ- مراجع ناظری که قبلاً موافق آیین‌نامه اجرایی موضوع تبصره 4 ماده 2 مالیاتهای مستقیم– مصوب 1366 – و اصلاحیه مورخ 1371/2/7 آن ، امر نظارت بر درآمد و هزینه موسسات عام‌المنفعه به آنان تفویض گردیده است ، نظارت آنها بر موسسات یاد شده با رعایت مقررات ماده 139 اصلاحی- مصوب 1380/11/27 و اصلاحیه ی بعدی آن- و مفاد این آیین‌نامه کماکان معتبر بوده و اساسنامه این قبیل موسسات نیازی به اصلاح مجدد و تطبیق با این آیین‌نامه نخواهد داشت.
ماده 8 : موسسات نامبرده موظفند ظرف یک ماه از تاریخ ثبت اساسنامه ، تصویر یا رونوشت مصدق آن را به اداره امور مالیاتی محل تسلیم و ظرف همین مدت در یکی از بانک‌های محل ، حساب جاری به نام موسسه افتتاح و کلیه وجوه نقدی و درآمد خود را به حساب‌های بانکی منتقل نمایند و کلیه هزینه‌های موسسه را از طریق آن حساب‌ها انجام دهند.ماده 9: موسسات خیریه و عام‌المنفعه مکلفند صورت حساب درآمد و هزینه سالانه خود را که متکی به اسناد و مدارک قابل قبول باشد، حداکثر تا پایان مهلت انقضای تسلیم اظهارنامه مالیاتی سال مالی مربوط به مرجع نظارت ذیربط تسلیم نمایند و مرجع یاد شده نیز باید ظرف چهار ماه از تاریخ وصول صورتحساب، نتیجه رسیدگی را در مورد صورتحساب درآمد و هزینه و رعایت مقررات قانون و آیین‌نامه اجرایی ماده 139 قانون اعلام و در صورت تایید، گواهی لازم را جهت اقدام قانونی به اداره امور مالیاتی مربوط تسلیم نماید .
فصل هفتم – مالیات به نرخ صفر موضوع بندی ماده 139

ماده 10: مجامع حرفه‌ای ، احزاب و انجمن‌ها و تشکل‌های غیر دولتی مکلفند مجوز صادر شده از مراجع ذیربط را جهت استفاده از نرخ صفر مالیاتی مقرر موضوع بندی ماده مذکور به اداره مالیاتی مربوط تسلیم نمایند.

فصل هشتم- مالیات به نرخ صفر موضوع بند ک ماده 139

ماده 11: انجمن‌ها و هیات‌های مذهبی مربوط به اقلیت‌های دینی مذکور در قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران ، جهت استفاده از نرخ صفر مالیاتی مقرر مکلفند گواهی لازم مبنی بر رسمیت خود را از وزارت کشور اخذ و به اداره امور مالیاتی ذیربط تسلیم نمایند.

فصل نهم- مالیات به نرخ صفر موضوع بند ل ماده 139

ماده 12: فعالیت‌های انتشاراتی و مطبوعاتی، فرهنگی و هنری به موجب مجوز وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامی و همچنین فعالیت های قرآنی اشخاص حقیقی یا حقوقی که با مجوز وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامی و دستگاه های ذیربط انجام می‌شود مشمول نرخ مالیاتی صفر می باشد. دستورالعمل نحوه اجرای این ماده مشترکاً توسط سازمان امور مالیاتی کشور و وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامی تهیه و اعلام خواهد شد.

فصل دهم- مالیات به نرخ صفر موضوع تبصره 1 ماده 139

ماده 13: اشخاص موضوع ماده 139 اصلاحی قانون مالیات های مستقیم جهت برخورداری از نرخ صفر در محاسبه مالیات موضوع تبصره 1 این ماده موظفند حداقل پانزده روز قبل از شروع فعالیت‌های غیر انتفاعی مذکور در تبصره یاد شده مراتب را جهت تعیین ناظر به سازمان امور مالیاتی کشور اعلام و صورتحساب درآمد و هزینه مربوط به فعالیت‌های موصوف را حداکثر تا پایان مهلت انقضای تسلیم اظهارنامه مالیاتی سال مالی مربوط به مرجع ناظر تعیین شده تسلیم نمایند. مرجع ناظر مکلف است حداکثر 4 ماه پس از انقضای مهلت تسلیم اظهارنامه مالیاتی این اشخاص گزارش نظارتی خود را در اجرای تبصره یاد شده به اداره امور مالیاتی ذیربط تسلیم نماید.

فصل یازدهم- مقررات عمومی

ماده 14: درآمدهای حاصل از فعالیت‌های اقتصادی اشخاص موضوع ماده 139 اصلاحی به شرح مندرج در تبصره 2 اصلاحی ماده 2 قانون مالیات‌های مستقیم مصوب 27/11/1380و اصلاحیه بعدی آن (غیر از مواردی که طبق بندهای ماده 139 مزبور از معافیت مالیاتی یا مالیات به نرخ صفر برخوردار می‌شوند) طبق مقررات مربوط مشمول مالیات خواهند بود.
تبصره 1- درآمدها و عایدی حاصل از موقوفات وکمک ‎ ها و هدایای دریافتی نقدی و غیرنقدی اشخاص موضوع بندهای (ط) و (ک) ماده (139) اصلاحی قانون مالیاتهای مستقیم از پرداخت مالیات معاف می باشد. این حکم شامل درآمد شرکت های زیر مجموعه اشخاص مذکور نخواهد بود.
تبصره 2- درآمدهایی که طبق مقررات مربوط دارای نرخ مالیاتی جداگانه‌ای می‌باشند با رعایت تبصره (1) این ماده، مالیات متعلق حسب مورد وفق مقررات مربوط محاسبه و وصول خواهد شد.
ماده 15-اشخاص موضوع ماده 139 اصلاحی قانون مالیاتهای مستقیم- مصوب 1380 – و اصلاحیه‏ی بعدی آن به استثنای اشخاص مشمول بند (ح) ماده (139) اصلاحی قانون مالیات¬های مستقیم که مطابق ماده (85) قانون الحاق برخی مواد به قانون تنظیم بخشی از مقررات مالی دولت (2) عمل می‏شود، حسب مورد مکلف به تسلیم به موقع اظهار نامه و ترازنامه و حساب سود و زیان، صورت یا خلاصه درآمد و هزینه حسب مورد طبق مقررات قانون مالیات‌های مستقیم خواهند بود.
ماده 16 -تعدم رعایت شرایط و ترتیبات مقرر در ماده (139) اصلاحی قانون مالیاتهای مستقیم و تبصره های آن و همچنین عدم تسلیم اظهارنامه مالیاتی، دفاتر و یا اسناد و مدارک با رعایت مقررات موضوع ماده (146) مکرر اصلاحی قانون، به استثنای اشخاص مشمول بند (ح) ماده (139) قانون مذکور که مطابق ماده (85) قانون الحاق برخی مواد به قانون تنظیم بخشی از مقررات مالی دولت (2) عمل می‏شود، توسط اشخاص موضوع بندهای ماده یاد شده، در هر سال مالی، موجب محرومیت از معافیت ها و نرخ صفر مالیاتی مقرر در آن سال خواهد شد.
ماده 17: در مورد موقوفات عام به طور کلی و موسسات عام‌المنفعه‌ای که اداره امور آنها به سازمان اوقاف و امور خیریه محول شده یا بشود در صورتی که فاقد متولی و یا امین یا مدیر باشند مسئولیت انجام تکالیف مقرر در این آیین‌نامه و قانون مالیاتهای مستقیم در ارتباط با اشخاص مذکور به عهده اداره اوقاف و امور خیریه مربوط خواهد بود .
ماده 18: مفاد این آیین‌نامه نسبت به اشخاص مذکور در ماده 139 قانون مالیاتهای مستقیم اصلاحی مصوب 31/04/1394 که آغاز سال مالی آن ها 01/01/1395 و بعد از آن باشد، جاری خواهد بود.