مرجع رسیدگی به کلیه اختلافات مالیاتی جز در مواردی که ضمن مقررات این قانون مرجع دیگری پیش بینی شده هیات حل اختلاف مالیاتی است . هر هیات حل اختلاف مالیاتی از سه نفر به شرح زیر تشکیل خواهد شد:
1 – یک نفر نماینده وزارت امور اقتصادی و دارایی .
2 – یک نفر قاضی اعم از شاغل یا بازنشسته در تهران به انتخاب و معرفی شورای عالی قضایی و در شهرستان ها به انتخاب رییس دادگستری یا دادگاه محل ‌در صورتی که ظرف یک ماه از تاریخ درخواست وزارت امور اقتصادی و دارایی، قاضی مورد نظر معرفی نشود وزارت مذکور می‌تواند از وجود قضات‌بازنشسته استفاده نماید. در شهرستانها به استثنای تهران که استفاده از وجود قاضی بازنشسته مقدور نباشد، یک نفر بصیر و مطلع در امور حقوقی از‌سوی قوه قضائیه انتخاب خواهد شد.
3 – نماینده نظام پزشکی در مورد درآمد مربوط به امور پزشکی ، نماینده کانون وکلا در مورد درآمد حاصل و از وکالت و مشاوره حقوقی ، نماینده شورای مرکزی اصناف محل درمورد اصناف ، نماینده کانون سردفتران در مورد صاحبان دفاتر اسناد رسمی ، نماینده اطاق بازرگانی و صنایع و معادن ایران برای انواع درآمدهای دیگر و در نقاطی که مراجع مزبور تشکیل نشده است یکی از معتمدین محل که به امور مالیاتی رشته مخصوص به هر نوع فعالیت ، بصیر و مطلع باشد به انتخاب فرماندار محل .
تبصره 1:
رای هیات حل اختلاف مالیاتی به اکثریت قطعی است و نظر اقلیت باید در متن رای قید گردد و در صورتی که عضو موضوع بند 3 این ماده معرفی نشود و یا با اطلاع از تشکیل جلسه هیات غیبت نماید هیات با حضور دو عضو دیگر به پرونده رسیدگی و رای صادر خواهد کرد. در صورت اختلاف رای بین دو عضو نامبرده پرونده به هیات حل اختلاف مالیاتی دیگری ارجاع می شود و در هر حال رای صادره قطعی است .
تبصره 2:
وزارت امور اقتصادی و دارایی می تواند رسیدگی به پرونده مالیاتی را به هیات حل اختلاف مالیاتی شهرستانی که محل فعالیت عمده مودی در آنجا می باشد ارجاع نماید.
تبصره 3:
در مورد اختلاف مالیاتی مربوط به فصول اول و دوم و سوم از باب دوم و فصل اول و از باب سوم این قانون نماینده وزارت مسکن و شهرسازی در تهران و ادارات کل مسکن و شهرسازی در شهرستانها و همچنین در مورد اختلاف مالیاتی مربوط به درآمد کشاورزی نماینده وزارت کشاورزی و عمران روستایی در تهران و نماینده اداره کل کشاورزی و عمران روستایی در شهرستان ها به جای نماینده موضوع بند 3 این ماده در هیاتهای حل اختلاف مالیاتی شرکت خواهد کرد و در نقاطی که ادارات کل مسکن و شهرسازی وجود نداشته باشد به جای نماینده مزبور، نماینده ای از طرف فرماندار انتخاب معرفی خواهد شد.